La Resolución Ministerial No 622, del 02 de Marzo de 1963, autorizó a la Congregación de los Padres de Maryknoll, para el funcionamiento del Colegio Parroquial Mixto Particular  “San Juan Bautista”, previo Informe emitido por el Sr. Inspector de Educación, don Julio Nazario Núñez Núñez, también se comunicó el nombramiento como Director del Plantel, del  Rvdo. Padre Peter J. Halligan M.M. y como Subdirectora de la Srta. María Angélica Padilla Araujo, así mismo  se concedió el funcionamiento del Plantel, en el salón parroquial, sito en el Jr. Tarapacá Nº 229, mientras se entregue el local del Jr. Deustua, Seminario de San Ambrosio; iniciando su labor educativa con dos secciones: Transición A y Transición B, siendo el Primer Jurado Oficial compuesto por: Dña. Rosa Alayza de Giraldo, Madre María Goretti y Kita Salinas Tejada, encargadas de tomar los exámenes de fin de año.  A partir del año de 1966 se crea el Nivel Inicial, funcionando Kindergarden de cinco años, con 37 alumnos, resaltando el trabajo de Madre María Andrea.

En esa época con la iniciativa de la Congregación de los Padres de Maryknoll, liderado por el Director del Plantel, Padre Peter Halligan, la del Obispo de la diócesis de Puno, Monseñor Julio González Ruiz y de la Comunidad Sanjuanina, se construyó la primera etapa del actual local del Colegio, un edificio de cuatro pisos, teniendo en el cuarto piso una cancha para la práctica del basquetbol.

Han laborado intensamente en la formación integral y cristiana de los educandos, numerosos religiosos de diferentes congregaciones y un selecto plantel de profesores, que han cimentado su prestigio, son dignos de mencionar el siguiente personal docente: Kita Salinas Tejada de Garnica, Rosa Alayza de Giraldo profesoras fundadoras del Plantel; Beatriz Mostajo Pinazo, Teresa Quintanilla de Antezana, Marileidy Peñaranda de Torres, docente fundadora de Kindergarden; Ruth Durand de Pacheco, Rosario Pacheco de Bedoya, Doris Bermejo Gutiérrez, Olga Ortiz Zevillanos, Amalia Moreno de Carreón, Teresa C. de Núñez, Antonieta Martínez Arriaga, Natividad Catacora de Macedo, Dora Gallegos Bustíos, Edilberto Coila Pari, Edilberto Zegarra Barrueta, Eloy Colque Romero, Juan Palao Iturregui, Zelma Enríquez Pastán, María del Carmen Carrión de Arze, Graciela Ormachea Frisancho, Carlos Monge Guerra, Javier Subia Cortez, Maximiana Aquise de Carrión, Marco Malma Loayza, Jesús Santisteban Avila, Carlos Otárola Alvarado, Augusto Castro Carpio, Marith Cordero de Malma, Dannis Cordero Goyzueta, Florencio Cáceres, Gladys Pineda Espinoza, Héctor Macedo Tristán, Jorge Esparza Monroy, Isabel Loza Arce, Artemio Olaguivel Bedregal, Mario Cuentas Zavala, Manuel Lazo Sierra, Esteban Laos, Carlos Pineda Cruz, Tomás Yupanqui Aza, Magda Aguilar de Coila, Alfredo García Valdivia, Víctor Córdova Gómez, Edgardo Rodríguez Vásquez, Alfredo Roca Andía, Armando Palao Iturregui, Angela Bejarano Beltrán.

Religiosas: María Goretti, María Andrea Zitell, Kitty Carow, Guadalupe Garcilazo Bedolla, Evelia Denis Muñiz, Magdalena Cuellar García.

Padres: Luis Zambrano Rojas, René Pinto Guevara, Fredy Valdivia Velásquez.

Personal Administrativo: Oscar Rozas Gutiérrez, Oscar Torres Cáceres, Gloria Macedo Huerta, Eloy Herrera Rosado.

Personal de Servicio: Pedro Santoyo Quispe.

DIRECTORES DEL COLEGIO SAN JUAN BAUTISTA

• Padre Peter Joseph Halligan Torty
• Madre Imelda Palomino Quiróz
• Padre Piero Sanoco
• Madre Nieves Elizalde
• Madre Edith Fernández Torres, en el año de 1977, durante la gestión de esta religiosa, la R.D. No. 410, autoriza el funcionamiento del Nivel Secundario.
• Padre Oscar Zanabria
• Madre María Pía Gonzales Pareja,O.P. 1980 – 1983, religiosa dominica, educadora, de larga y fructífera labor en la formación de varias generaciones, en su gestión se construyó la segunda etapa de la infraestructura del Platel, un pabellón de cuatro pisos.
• Madre Yolande Marie Peeters Houssa, O.P.
• Madre Elvira Ortega Pallares, CMST. religiosa, especialista en psicología educativa, en su gestión se construyó, la tercera etapa de la infraestructura del Plantel, el moderno edificio, que se encuentra en el Jr. Grau.
• Madre Martha García Guzmán CMST. en su gestión se reapertura el Nivel Inicial, lo autoriza la RD. No 5154.
• R.P. Kevin David Vargas Valencia.
• Profesor Juan Alfredo Roca Andía.
• Profesora María Ángela Elvira Bejarano Beltrán.
• Dr. René Choque Copari

Este Plantel, brinda servicios educativos a la comunidad puneña en sus tres niveles: Educación Inicial, Primaria y Secundaria, es mixto y es considerado como uno de los mejores Centro Educativos del País, prestigio que ha logrado por su alto porcentaje de ingresos a las Universidades: locales, nacionales e internacionales.